Sci. Adv.|MOBER:深度学习助整合多源癌症转录组数据,打破临床与实验模型的壁垒
引言 癌症研究中,实验模型如癌细胞系和患者源性异种移植模型(PTX)一直是科学家们探索癌症生物学和开发治疗手段的重要工具。然而,这些模型与实际临床肿瘤之间存在显著差异,特别是在基因表达...
bioRxiv|L2G:一张GPU卡也能训的基因组学语言模型
预训练语言模型(如BERT、GPT等)在自然语言处理(Natural Language Processing, NLP)领域取得了显著进展,其在多种语言任务中的表现令人瞩目。这一成功激发了基因组学领域的研究者们尝试开发...
Nature|时空单细胞分析新突破:moscot框架实现多组学数据高效映射
引言:单细胞组学的挑战与最优运输的潜力 单细胞多组学技术(如scRNA-seq、空间转录组)为解析细胞异质性和组织动态提供了前所未有的分辨率。然而,实验技术的局限性导致细胞在天然时空背景下的...
ProtChat:融合大语言模型与蛋白质语言模型的自动化蛋白质分析工具
近年来,大语言模型(LLMs)在自然语言处理领域取得了巨大进展,极大地提升了人机交互的效率和精准度。而在计算生物学中,蛋白质序列被类比为自然语言,基于此的蛋白质大语言模型(PLLMs)也应...
深度学习与大语言模型开源书单
下面是一些开源的深度学习与大语言模型教程书籍,可以从 GitHub 免费下载。 神经网络与深度学习 链接: **https://nndl.github.io/ 介绍: 系统地整理了神经网络和深度学习的知识体系。鉴于深度...
ICML 2024|用于统一分子建模的多尺度蛋白质语言模型ESM-AA
多模态蛋白质语言模型是一个新兴的方向。 《Multi-scale Protein Language Model for Unified Molecular Modeling》是一篇发表在ICML 2024的文献,作者是 Kangjie Zheng、Siyu Long、Tianyu Lu...
CVPR 2014| BioCLIP:生命之树的视觉基础模型
BioCLIP 是一个利用图像和结构化生物知识回答生物学问题的多模态大模型。通过在生命之树(生物学分类)上训练模型,增强了对自然界层次结构的理解,具有强大的可泛化性。文章还创建了 TreeOfLif...
炼丹入门必备:迈向调参之路的新手指南(深度学习篇)
选定学习路线 上回介绍了机器学习的入门指南,这一次轮到更为火爆的深度学习。深度学习有非常多免费的优质课程,不用花钱就能在家享受名师教学的体验。这一次,也主要是介绍免费的资料。 深度学...