ADMIXTURE 是常用的群体遗传学分析工具，可以估计个体的祖先成分。与 STRUCTURE 相比，它的速度更快。它的下载地址是 http://dalexander.github.io/admixture/download.html，下载解压就可以使...

EHH（Extended Haplotype Homozygosity）、iHS（Integrated Haplotype Score） 和 XP-EHH（Cross Population Extended Haplotype Homozogysity）是常用的基于 haplotype 分析基因组受选择情况的...

做生信分析的人越来越多，但并不是每个人都有足够的计算资源。云计算是个好东西，但它的成本优势更多体现在大数据处理上，每天需要处理几十几百 TB 甚至 PB 级别的数据时，云计算才会比自建维护...

介绍 全基因组关联分析（GWAS）是非常流行的定位表型或疾病遗传位点方法。不过很多情况下，GWAS 发现的最显著的 SNP（top SNP 或者 index SNP）并不是真正造成影响的causal SNP（因果SNP），而...

上一篇文章 《使用XP-CLR检测基因组中的选择信号》 介绍了 XP-CLR。XP-CLR 是一种是基于选择扫荡（selective sweeep）的似然方法。选择扫荡可以增加群体之间的遗传分化，导致等位基因频率偏离中...

检测基因组选择信号的方法有很多种，其中 XP-CLR 方法是常用的一种。XP-CLR 是陈华老师、Nick Patterson 和 David Reich 在 2010 年发表的方法，全称叫 the cross-population composite likelih...

黑五抢了个Virmach的大内存机器，终于可以折腾下超级吃内存的GitLab。GitLab的安装方式有好几种，个人比较建议用Docker，部署快速，而且不容易影响机器本身安装好的服务。 Docker安装 CentOS 7 ...

安装 Transmission包含在EPEL拓展仓库中，如果没有安装EPEL源，安装前需要输入以下命令安装EPEL源（需要root权限）： yum -y install epel-release yum -y update EPEL源安装成功后，即可安装Tr...