Science|持续数十年的实验,通过细菌研究突变在演化过程的适应性效应
突变对生物体适应度(fitness,生存和繁殖的能力)的影响,可能会受到后续突变的影响,这可能会限制未来的适应性进化路径。这些变化如何发生、会产生怎样的影响,尚缺乏具体的数据。近日,《Sci...
使用ADMIXTURE估计个体的祖先成分
ADMIXTURE 是常用的群体遗传学分析工具,可以估计个体的祖先成分。与 STRUCTURE 相比,它的速度更快。它的下载地址是 http://dalexander.github.io/admixture/download.html,下载解压就可以使...
使用Hapbin基于EHH、iHS、XP-EHH方法检测基因组中的选择信号
EHH(Extended Haplotype Homozygosity)、iHS(Integrated Haplotype Score) 和 XP-EHH(Cross Population Extended Haplotype Homozogysity)是常用的基于 haplotype 分析基因组受选择情况的...
FINEMAP:使用GWAS摘要数据进行无功能注释数据的精细定位(Fine-mapping)
介绍 全基因组关联分析(GWAS)是非常流行的定位表型或疾病遗传位点方法。不过很多情况下,GWAS 发现的最显著的 SNP(top SNP 或者 index SNP)并不是真正造成影响的causal SNP(因果SNP),而...
CAUSALdb:涵盖数千个GWAS研究和Fine-mapping结果的可视化数据库
现在 GWAS 研究越来越多。要查询以往的 GWAS 研究结果,可以使用 GWAS Catalog。GWAS Catalog 包含的信息非常多,不过有时可能满足不了需要。这里,推荐一个叫 CAUSALdb 的数据库。 CAUSALdb(h...
日本人群的大规模GWAS发现多种疾病的新型易感基因座
文献信息 标题: Large-scale genome-wide association study in a Japanese population identifies novel susceptibility loci across different diseases 中文标题: 日本人群的大规模全基因...