使用Python版XP-CLR检测基因组中的选择信号

上一篇文章 《使用XP-CLR检测基因组中的选择信号》 介绍了 XP-CLR。XP-CLR 是一种是基于选择扫荡（selective sweeep）的似然方法。选择扫荡可以增加群体之间的遗传分化，导致等位基因频率偏离中性条件下的预期值。XP-CLR 利用了两个群体之间的多基因座等位基因频率差异（multilocus allele frequency differentiation）建立模型，使用布朗运动来模拟中性下的遗传漂移，并使用确定性模型来近似地对附近的单核苷酸多态性（SNPs）进行选择性扫描。

原版 XP-CLR 软件已经多年没更新，当中存在一些 bugs。实测在计算几千个样本的时候，原版软件会报 Segmentation Fault 的错误。牛津大学 的 Nick Hardin 使用 Python 重写了 XP-CLR的计算工具，并且改正了当中存在的 bug。如果需要使用 XP-CLR 对大量样本分析，推荐使用这个重构的 Python版。

Python版的仓库地址为 https://github.com/hardingnj/xpclr 。

安装

可以克隆 GitHub 仓库再安装：

git clone https://github.com/hardingnj/xpclr.git
cd xpclr
python setup.py install

也可以使用 bioconda 安装：

conda install xpclr -c bioconda

两种安装方式，推荐使用 bioconda 安装，不容易出错。

使用

这个工具支持 hdf5，vcf 和 原版 XP-CLR 格式的文件。

使用也很简单，这里以原版 XP-CLR 文件（mapfile、popAfile、popBfile三个文件）为例，以 50kb unoverlapping window 去对 phased 数据进行计算：

xpclr --format txt --map mapfile --popA popAfile --popB popBfile --chr 1 --phased --maxsnps 600 --size 50000 --step 50000  --out output

GitHub 上的选项参数说明并不详细，不过代码中的注释写得比较明确：

---